midori234 の displayCSS3DObject() をもう一度呼び出したと仮定すると、両方の HTML に #digital-clock が埋め込まれます。document.getElementById は最初の要素だけを返すため、2つ目の時計は常に「00:00:00」のまま止まります。
displayCSS3DObject()
#digital-clock
document.getElementById